Правильно: ОАО «АК "Транснефть"».
Корректно: ОАО "Банк", именуемое...
Слова сама по себе не изменяются по падежам: нет кошки, которая гуляет сама по себе, вижу кошку, которая гуляет сама по себе.
Кавычки нужны.
Правильно: над «Архипелагом ГУЛАГом». См. издание, подготовленное Н. Д. Солженицыной.
Корректно: ОАО «Новосибирский завод»; если речь идет о новосибирском филиале какого-либо ОАО – новосибирский завод ОАО «...».